新纪元的起步主要是作为一个教学机构，其原属机构 -董教总教育中心-一直以来都有举行国际会议、研究工作以讨论文化、教育各方面的发展，而董教总也聘有全职的研究员，对教育课题作深入的研究。 2002年6月，新纪元学院成立学术研究中心，聘请全职研究协调员，协助推动学院的研究工作。

除了推动各系在学术上长期的研究，研究中心展开多项社会科学课题的研究，包括教育、语言、经济、文化、族群关系、历史、政治、媒体等等。研究中心同时也加强与外界、国际学术机构的联系。

学院各系定期在校园内举办工作营、研讨会作为日常的活动。我们尝试每一年至少举行一次国内或国际的研讨会。研究成果或学术报告将发表在《新纪元学报》。

我们的目标是将新纪元发展成为大马多元学科研究的学术重镇。

学术顾问团
为提升学院学术水平，本院聘请了多位学术顾问，组成学术顾问团，负责指导及评估各科系的课程内容。受敦聘的人士都在各自的学术领域有所专精，顾问团阵容如下：
梁思礼博士、吴全德教授、施纯协教授、王润华教授、谭家健教授、李春芳教授、陈丽萍博士、杨泉博士、邱少青博士、杨仁龄先生、李慧德女士、 Professor Neil Quigley 、 Professor Roger Hopkins 、 Associate Professor Dr. Mustafa Kamal Anuar 、 Associate Professor Anizan Binti Isahak 、 Dr. Toh Kin Woon.