新纪元学院于2002年创办了咨商与辅导专业文凭课程。此课程当时附属推广教育中心底下，作为提供给成人再进修的黄昏班课程。办课的主要目的是希望结合本地辅导机构资源，为我国华社培养有素质且以母语（华文）作为沟通媒介语的辅导义工。

    有鉴于群众对辅导咨商的需求日益提高，以及学员未来在学术更全面的发展，新纪元于2006年正式开办辅导与咨商心理学系（简称辅咨系），把原有的咨商与辅导专业文凭课程提升为辅导与咨商心理学系2+2学分转移课程，于2009年成功向马来西亚高教部（KPT）申请到与国立台湾师范大学联办2+2学士学位课程的开办准证(PA9586)，并于2014年8月18日通过审核获得学术认证（A9586）。此课程也获大马学术资格鉴定机构(MQA) 批准以中文及英文双语授课，这份认可显示此课程内容符合高教部标准。

    2017年1月10日新纪元接获马来西亚高等教育部批准函，正式升格为新纪元大学学院。本系早在2013年10月即向KPT提出“咨商与心理学荣誉学士课程”的申请，于2016年12月2日成功获得开办准证（MQA/PA4734），新纪元大学学院辅导与咨商心理学系第一届咨商与心理学荣誉学士课程遂于2017年5月开办。