新纪元学院于2002年创办了咨商与辅导专业文凭课程。此课程当时附属推广教育中心底下，作为提供给成人再进修的黄昏班课程。办课的主要目的是希望结合本地辅导机构资源，为我国华社培养有素质且以母语（华文）作为沟通媒介语的辅导义工。
有鉴于群众对辅导咨商的需求日益提高，以及学员未来在学术更全面的发展，新纪元于2006年正式开办辅导与咨商心理学系（简称辅咨系），把原有的咨商与辅导专业文凭课程提升为辅导与咨商心理学系2+2学分转移课程，于2009年成功向马来西亚高教部（KPT）申请到与国立台湾师范大学联办2+2学士学位课程的开办准证(PA9586)，并于2014年8月18日通过审核获得学术认证（A9586）。此课程也获大马学术资格鉴定机构(MQA) 批准以中文及英文双语授课，这份认可显示此课程内容符合高教部标准。
2017年1月10日新纪元接获马来西亚高等教育部批准函，正式升格为新纪元大学学院。本系早在2013年10月即向KPT提出“咨商与心理学荣誉学士课程”的申请，于2016年12月2日成功获得开办准证（MQA/PA4734），新纪元大学学院辅导与咨商心理学系第一届咨商与心理学荣誉学士课程遂于2017年5月开办。
毕业年份：
2017
毕业后状况：
Further study at Chinese Culture University, Taiwan
“新纪元大学学院的辅导与咨商心理学系是全马唯一中文英双语教授的课程，中为主，英为辅的教学方式让我在学习上感到事半功倍。小班制的环境让系友和导师们的关系能很融洽。因材施教的方式也提升了学习的成效。学习过程中除了得到众助人技巧外，更大的收获是深度的自我认知。这让我们有更多的能力去面对生活上的挑战，陪伴自己。”
毕业年份：
2015
毕业后状况：
Further study at National Changhua University of Education, Taiwan
“接触辅咨系后，发现辅导除了助人以外还能自省，同时思考能力和对待人的态度也有所改善。辅咨系的老师们都很亲切和热心，我们就像个大家庭。如今，我非常想念这里的校园生活。恩师们的用心灌溉让我们这些幼苗茁壮成长。愿我们可成为一棵得以助人助己的大树，以报答教育之恩。”
毕业年份：
2011
毕业后状况：
Head of Counselling Department, Poi Lam High School, Perak
“小班编制让系上每一位导师，都能确切的了解我们的状态，提供适合的教学方式，同时也陪伴着我们成长。我们亦能剖析自己的生命历程，并整合自我。这里是学习知识的最佳温床！毕业六年，这里依然是我的能量源泉，辅咨系两年的求学生涯，有成长的阵痛，同时也拥有新生的喜悦，这是我最感恩的时光！”
毕业年份：
2017
毕业后状况：
Further study at Chinese Culture University, Taiwan
“新纪元大学学院的辅导与咨商心理学系是全马唯一中文英双语教授的课程，中为主，英为辅的教学方式让我在学习上感到事半功倍。小班制的环境让系友和导师们的关系能很融洽。因材施教的方式也提升了学习的成效。学习过程中除了得到众助人技巧外，更大的收获是深度的自我认知。这让我们有更多的能力去面对生活上的挑战，陪伴自己。”
毕业年份：
2015
毕业后状况：
Further study at National Changhua University of Education, Taiwan
“接触辅咨系后，发现辅导除了助人以外还能自省，同时思考能力和对待人的态度也有所改善。辅咨系的老师们都很亲切和热心，我们就像个大家庭。如今，我非常想念这里的校园生活。恩师们的用心灌溉让我们这些幼苗茁壮成长。愿我们可成为一棵得以助人助己的大树，以报答教育之恩。”
毕业年份：
2011
毕业后状况：
Head of Counselling Department, Poi Lam High School, Perak
“小班编制让系上每一位导师，都能确切的了解我们的状态，提供适合的教学方式，同时也陪伴着我们成长。我们亦能剖析自己的生命历程，并整合自我。这里是学习知识的最佳温床！毕业六年，这里依然是我的能量源泉，辅咨系两年的求学生涯，有成长的阵痛，同时也拥有新生的喜悦，这是我最感恩的时光！”
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