马来西亚历史研究中心的主要工作方向有二，即进行马来西亚历史和东南亚华侨华人的研究。

前者是有见于自1980年代以来华文学界逐渐放弃论述国家历史的现象，希望能借此鼓吹重新重视国史的研究，华文学界必须在这方面有一定的发言权。后者是持续关注华侨华人的研究，因为它已逐渐成为国际学界共同关心的议题，并希望能与中国乃至国际学界接轨。此外，本中心另有一项重要任务，即开设马来西亚史的课程，以培训独中历史老师，除了符合作为华社民办高等学府的目的，同时也可以为国史研究人员进行基础培训工作。

后者的工作是因为华人研究除了少数几位民间文史工作者，一般皆以传统文献切入，学者下乡采集文献资料较少，故此民间历史文献的采集和研究工作可谓方兴未艾，大有可为。为此，本研究中心未来可有如下三个工作方向。首先，突破传统文献研究的局限，大面积补充民俗和村镇研究上的不足和空白。其次，推动全国性的民间历史文献的调查和征集。其三，组织多学科的合作研究。

目前研究中心正在积极推动的是华人村镇和民俗文化的文献采集和调研工作。